Для подписи и шифрования файлов нужно:
1. В мастере Подпись и шифрование добавить файлы;
2. В настройках Параметры операции выбрать опции Подпись файла и Шифрование файла, задать Сертификаты подписи и Сертификаты шифрования.

После выполнения всех условий появляется кнопка Выполнить

По окончании процесса исходные документы (оригиналы) и результаты операций (файлы с расширением .sig.enc) отображаются в отдельном мастере Результаты операций.