Для шифрования и архивирования файлов нужно:

1.В мастере Подпись и шифрование добавить файлы.

2.В настройках параметров операции выбрать опции Шифрование файла, задать Сертификаты шифрования и настроить Параметры шифрования (выбрать опцию Архивировать файлы перед шифрованием). 

После выполнения всех условий появляется кнопка Выполнить . Нажатие на кнопку Выполнить запускает процесс. Сначала файл архивируется, затем следует процесс шифрования. По окончании процесса исходные документы (оригиналы) и результаты операций (файлы с расширением .zip.enc) отображаются в отдельном мастере Результаты операций.