Для того, чтобы зашифровать файлы необходимо:

1. В Мастер подписи и шифрования добавить файлы для шифрования.

2. В Параметрах операций выбрать/создать шаблон, в котором нужно указать сертификаты шифрования и задать параметры шифрования.

После выполнения всех условий:

1. Добавлен хотя бы один файл;

2. В настройках параметра операции выбран сертификат шифрования и установлена опция Шифрование файлов (если необходимо только зашифровать файлы, то опция Подпись файлов должна быть не активна); появляется кнопка Выполнить . 

Нажатие на кнопку Выполнить запускает процесс шифрования. 

По окончании процесса исходные документы (оригиналы) и результаты операций (файлы с расширением .enc) отображаются в отдельном мастере Результаты операций.